V roce 1851 přišel do Českých Budějovic jako biskup Jan Valerián Jirsík, všestranně vzdělaný teolog a nadšený vlastenec. Přestože Bachův policejní režim projevy vlastenectví potlačoval, podařilo se mu roku 1868 založit české gymnázium financované z prostředků biskupství, veřejné sbírky a darů.
První světová válka chod školy silně poznamenala: ze 196 chlapců, kteří odešli na frontu, se 34 nevrátilo. Za první republiky si škola zachovala charakter klasického gymnázia. Období po roce 1945 a normalizace přinesly přejmenování, ideologické zásahy i personální změny, výuka si ale vysokou úroveň uchovala.
Dnes na škole studuje přes 500 studentů ve čtyřletém a osmiletém cyklu. Gymnázium je všeobecné s důrazem na jazyky, tradičně dobré jsou i výsledky v přírodních vědách. Studenti uspěli i v mezinárodních kolech olympiád: v roce 2013 Ondřej Hlavatý v informatice v Austrálii, v roce 2015 Václav Rozhoň přivezl stříbro z fyziky z Bombaje a bronz z informatiky z Almaty. Volejbalistky dvakrát po sobě vyhrály celorepublikové finále a hrály evropské finále v Portugalsku.
Část školních kronik převzal Státní oblastní archiv v Třeboni, který je zdigitalizoval. Najdete je v Digitálním archivu SOA Třeboň. Pořad o 150 letech gymnázia natočila Jihočeská televize.